W 1279 Mongołowie zakończyli podbój Chin, a rok później Kubilaj założył nową, chińsko-mongolską dynastię Yuan. Sytuację w Tybecie dodatkowo skomplikowała śmierć Pagpy. Ponieważ zajściu towarzyszyło wiele niejasności, podejrzenie padło na kolejnego po Szakja Bzanpo, z nieznanych powodów wcześniej zdjętego z funkcji, zarządcę (dpoczena) Kunga Bzanpo (Wylie Kundga' bzang-po). Reakcja Mongołów była stanowcza i już w 1281 oddział zbrojnych w liczbie siedmiu tys., wzmocniony milicją z Amdo, wkroczył do Tybetu. Byłego administratora pomimo zapewnień o niewinności, stracono, a Pagpę na dworze mongolskim zastąpił syn Pjagna Dordże Dharmapālarakṣitą (zm. 1287).
W roku 1285 wybuchła kolejna rebelia drikung kagju, która doprowadziła do zniszczenia jednego z klasztorów i śmierci opata. W dwa lata później sytuacja zaogniła się do tego stopnia, iż można ją spokojnie nazwać wojna domową. Do walki po stronie rebeliantów włączyli się niechętni dynastii Yuan, dowodzeni przez Kajdu-chana Mongołowie Zachodni, wobec czego siły wierne szkole sakja, pod wodzą nowego dpoczena Aglena (Wylie Ag-Ien rDo-rje-dpal) wsparte zostały wojskami cesarskimi. Połączone armie pokonały rebeliantów i ich sojuszników w 1288, a w 1290 zburzono główny klasztor linii drikung, zgodnie z przekazem zabijając 10 tys. osób. Dominacja koalicji Yuan-sakja pozostała niepodważona.