30 marca 1940 został aresztowany przez Gestapo. Był więziony na Pawiaku. 20 lub 21 czerwca 1940 został zamordowany w Palmirach wraz z 357 innymi przedstawicielami polskiej inteligencji, aresztowanymi przez Niemców w ramach Akcji AB. Jego zwłoki zostały odnalezione i zidentyfikowane po zakończeniu wojny, następnie 12 maja 1946 r. uroczyście złożone na cmentarzu-mauzoleum w Palmirach.
Życie prywatne W 1917 roku Pohoski poślubił Hannę z Rzepeckich (1895–1953), członkinię sekcji żeńskiej Związku Strzeleckiego, historyk oświaty i pedagogiki. Z tego związku urodziło się dwoje dzieci: córka Ewa (1918–1944) i syn Jan (1925–1944)W czasie niemieckiej okupacji żona i dzieci Pohoskiego byli aktywnymi członkami ruchu oporu. Żadne z dzieci nie przeżyło wojny. Ewa – poetka, publicystka prasy konspiracyjnej, żołnierz AK – została aresztowana przez Gestapo i rozstrzelana w ruinach getta warszawskiego (11 lutego 1944). Jan – żołnierz IV batalionu OW PPS im.