W 1542 papież Paweł III utworzył Kongregację Rzymskiej i Powszechnej Inkwizycji (Święte Oficjum) jako centralny organ nadzorujący i koordynujący działalność inkwizycji we Włoszech. W 1556 wznowiono działalność trybunału w Saluzzo. Inkwizytor Domenico da Vigone towarzyszył biskupowi Giovanniemu Marii Tapparelliemu (1568–1581) w wizytacjach duszpasterskich na terenie diecezji Saluzzo, mających na celu powstrzymanie przenikania wpływów reformacjizob. Savio, s. 268.. W 1588 Saluzzo przeszło pod władzę dynastii sabaudzkiej, co ostatecznie potwierdził sabaudzko-francuski traktat z 1601. Od tej pory tutejszy trybunał dzielił losy inkwizycji w domenach tej dynastii.
Pod koniec XVII wieku książę Sabaudii i Piemontu Wiktor Amadeusz II (panował 1675–1730) popadł w konflikt ze Stolicą Apostolską. W ramach tego konfliktu książę począwszy od roku 1698 zaczął wetować nominacje inkwizytorskie dokonywane przez Kongregację Świętego Oficjum dla trybunałów położonych w jego księstwie. Trybunał w Saluzzo jako pierwszy doświadczył tego konfliktu. 11 lutego 1698 Kongregacja mianowała inkwizytorem Saluzzo dotychczasowego inkwizytora Gubbio Pio Grassi da Strevio, jednak kiedy przybył on do Saluzzo, władze księstwa nie dopuściły go do objęcia urzędu i nakazały opuszczenie kraju.