Od 1993 żył w Monasterze Nowospasskim w Moskwie i służył jako kapelan pacjentów i pracowników instytutu onkologicznego im. Hercena, jak również jako dziekan klasztoru. Trzy lata później podjął w trybie zaocznym naukę w seminarium duchownym w Moskwie, ukończoną w 1998. W latach 1994–1996 był ponadto jednym z nauczycieli w niedzielnej szkole prowadzonej przez mnichów. W 1998 złożył wieczyste śluby mnisze przed przełożonym monasteru, biskupem oriechowo-zujewskim Aleksym. Zachował imię Paisjusz, lecz zmienił świętego patrona na św. Paisjusza Pieczerskiego. W latach 2002–2005 w tym samym trybie studiował na Moskiewskiej Akademii Duchownej. W 2007 obronił pracę końcową poświęconą działalności wielkiego księcia Sergiusza Romanowa w charakterze przewodniczącego Cesarskiego Prawosławnego Towarzystwa Palestyńskiego. W tym samym roku otrzymał godność ihumena. Od 2000 był proboszczem cerkwi Ikony Matki Bożej „Pantanassa” przy instytucie onkologicznym im. Hercena, w latach 1997–2011 – odpowiadał za prowadzenie klasztornego refektarza i kuchni, zaś od 2011 był ponownie dziekanem monasteru.