Armii wydało zarządzenie, które precyzowało, iż Einsatzgruppe z. b. V. podlega mu bezpośrednio, a stanowisko von Woyrscha jest równorzędne stanowisku szefa zarządu cywilnego na terytorium wroga. Powtórzono także niemal dosłownie wytyczne Himmlera, wskazując, że zadaniem sił policyjnych von Woyrscha są: „Pokonanie i rozbrojenie polskich band, egzekucje, zatrzymania w bezpośredniej współpracy z szefem zarządu cywilnego w Krakowie i komendantem rejonu tyłowego”.
Zmiana zadań postawionych przed Einsatzgruppe z. b. V. miała prawdopodobnie związek z koncepcjami „rozwiązania kwestii żydowskiej”, rozważanymi w tym okresie przez niemieckie kierownictwo. Dla nazistowskich przywódców, którzy z rasizmu i antysemityzmu uczynili rdzeń swej ideologii, wysoce niedogodna była sytuacja, w której pod niemieckim panowaniem znalazło się ponad 2 mln polskich Żydów.