Papieska Rada ds. Duszpasterstwa Służby Zdrowia wyróżniła go medalem „Curate Infirmos”. Został laureatem Nagrody Dziennikarskiej „Ślad” im. Biskupa Jana Chrapka (2014), nagrody Pontifici przyznawanej przez warszawski Klub Inteligencji Katolickiej (2014), Nagrody Newsweeka im. Teresy Torańskiej za działalność publiczną (2014), Medalu Świętego Jerzego „Tygodnika Powszechnego” (2015), Róży Gali za działalność charytatywną (2015) oraz konkursu Sukces Roku 2015 w Ochronie Zdrowia w kategorii osobowość roku.

W 2018 powołano fundację jego imienia. Fundacja ustanowiła nagrodę „Okulary ks. Kaczkowskiego”.

W 2017 w kościele św. Jerzego w Sopocie została odsłonięta poświęcona mu tablica, a w 2022 jego imieniem nazwano aulę III Liceum Ogólnokształcącego w Sopocie, co upamiętniła tablica pamiątkowa. W 2023 przy alei Niepodległości 769 w Sopocie odsłonięto mural przedstawiający go w oknie z jego cytatem „Czas to jest coś najcenniejszego, co możemy dać drugiemu człowiekowi”.

W 2019 jego imię nadano skwerowi w Sopocie, a w 2020 ulicy w Chmieleńcu i rondu w Redzie.