Dzięki jednostkom z Newagu ma być możliwe zwiększenie liczby obiegów do co najmniej 14, co ma pozwolić zwiększyć częstotliwość kursowania pociągów do 5 minut w szczycie na odcinku Warszawa Zachodnia – Pruszków.
1 marca 2016 przewoźnik poinformował, że zmiana napięcia w sieci WKD z 600 do 3000 V DC, a wraz z nią wprowadzenie pierwszego składu 39WE do eksploatacji, będzie miała miejsce na początku maja. 19 kwietnia natomiast zmiana napięcia i włączenie do ruchu nowych jednostek zostały przeniesione na 28 maja. Tego dnia o godz. 5:03 jazdy z pasażerami rozpoczął skład EN100-01, którego pierwszym kursem był pociąg numer 2202 z Grodziska Mazowieckiego do Podkowy Leśnej. Następnego dnia do eksploatacji włączono również jednostki o numerach 02 i 03. W pierwszych dniach użytkowania pojazdów tej serii nie zanotowano poważnych problemów z nimi związanych. Jedynymi usterkami były nieprawidłowości w funkcjonowaniu systemu informacji pasażerskiej. 3 czerwca odbyła się uroczysta prezentacja pierwszego pojazdu połączona z przejazdem promocyjnym z Warszawy do Grodziska.