Wtedy to decyzją rządu portugalskiego powstała specjalna komisja ds. budowy zapory Alqueva (port. Comissão Instaladora da Empresa de Alqueva, CIEA). Prace budowlane wznowiono w 1995 r.
W 1998 r. rozpoczęto betonowanie zapory i obiektów towarzyszących. Zaporę ukończono w 2002 r. kosztem ok. 4 miliardów euro, z czego ok. połowę dofinansowała Unia Europejska z Europejskiego Funduszu Rozwoju Regionalnego. Wtedy też rozpoczęto napełnianie zbiornika oraz otwarto drogę biegnącą koroną zapory. Przewiduje się, że kolejny miliard euro zostanie wydany na rozbudowę infrastruktury towarzyszącej zaporze do końca 2020 r. (z tego ok. 160 mln euro na II etap elektrowni wodnej Alqueva).
Charakterystyka zapory Zapora Alqueva jest lekką zaporą żelbetonową, łukową o podwójnej krzywiźnie. Jej wysokość wynosi 96 m, długość – 458 m, szerokość (grubość muru zapory) – 7 m. Kubatura zapory wynosi 687 000 m³. Jej korona leży na wysokości 154 m n.p.m. Koroną zapory biegnie droga krajowa N255, łącząca miejscowości Moura i Portel.