Głównym zadaniem floty podczas wojny był transport wojska. Okręty wypływały z Asunción załadowane żołnierzami i sprzętem do Puerto Casado, stąd wojsko trafiało na front ciężarówkami, bądź kontynuowało podróż rzeką do Bahía Negra. W drogę powrotną zabierano rannych i jeńców boliwijskich. „Humaitá” w pierwszy rejs transportowy wyszła 1 października 1932 roku, przewożąc na pokładzie pododdział pułku „Tres Corrales”. Łącznie, według oficjalnych statystyk, odbyła 84 rejsy po rzece Paragwaj, przewożąc do Puerto Casado 62 546 żołnierzy, przy czym według Ehlersa wraz z bliźniaczą jednostką przewiozła w obie strony około 267 000 ludzi podaje tę liczbę jako sumę żołnierzy przewiezionych przez wszystkie wodne jednostki Paragwaju.. Kanonierka stanowiła również osłonę przeciwlotniczą dla nieuzbrojonych jednostek, a w przerwach między konwojami działała jako bateria przeciwlotnicza w Asunción i Puerto Casado. Jedyną akcją bojową okrętu było starcie z dwoma boliwijskimi samolotami Curtiss P-6 Hawk lub Vickers Vespa. Rankiem 22 grudnia 1932 roku brały one udział w ataku na „Tacuarí”, po południu zaś natrafiły w okolicy Puerto Leda na „Humaitę”. Walka zakończyła się odwrotem atakujących pilotów.