Niebawem został znowu uwięziony, a następnie wypuszczony na wolność w 1968 roku.
Po wyjściu z więzienia Ahmed wyemigrował. W 1971 roku powrócił do kraju po tym, jak w Pakistanie wybuchła wojna domowa. Sprawiła ona, że Pakistan Wschodni ogłosił secesję, proklamując niepodległość jako Republika Bangladeszu. Jej pierwszym prezydentem został Mujibur Rahman, który powierzał Ahmedowi urzędy ministerialne. Byli przyjaciółmi o 25-letniej znajomości, co nie przeszkodziło rozwijać się pogłoskom o rzekomym narastającym między nimi konflikcie. Okazały się one prawdziwe, kiedy oskarżający Rahmana o korupcję Ahmed 15 sierpnia 1975 roku dokonał zamachu stanu, w którym zamordowano Rahmana.
Ahmed bezskutecznie starał się związać Bangladesz z Zachodem. Po kilku miesiącach władzy Ahmed został zmuszony do ustąpienia na skutek następnego zamachu stanu, który najprawdopodobniej przyspieszył zamordowanie reszty członków rządu Rahmana, którzy przebywali w więzieniu w Dhace. Liczbę zabitych ocenia się na od 4 do 8. Domniemanym zleceniodawcą mordu był sam Ahmed, który pomógł uciec młodym oficerom powiązanym z ową zbrodnią.