Oskarżano ich o potajemne wyznawanie judaizmu. W wyniku śledztwa prowadzonego przez komisarzy 60 osób zostało zmuszonych do abiuracji, a 24 spalono na stosie.
Utworzenie właściwego trybunału inkwizycyjnego w Ankonie nastąpiło w roku 1565 za sprawą władz zakonu franciszkanów konwentualnych, które odwołały się do prerogatyw nadanych im w średniowieczu. Jednak w 1566 nowym papieżem został dominikanin Pius V, poprzednio wielki inkwizytor, który odebrał franciszkanom sprawowanie urzędu inkwizytorskiego w Ankonie, co oficjalnie potwierdził bullą z 1569, uzasadniając to zaniedbaniem przez franciszkanów obowiązków w tym zakresie.
Pierwszy dominikański inkwizytor, Michele da Asti został mianowany bezpośrednio przez Kongregację Rzymskiej i Powszechnej Inkwizycji, co w drugiej połowie XVI wieku stało się standardem w przypadku włoskich trybunałów inkwizycyjnych, jednak trzy kolejne nominacje (w 1569, 1578 i 1580) zostały dokonane zgodnie z regułami średniowiecznymi przez generała zakonu dominikanów. W latach 90. XVI wieku doprecyzowano ostatecznie obszar jurysdykcji trybunału ankońskiego i podzielono go na tzw.