3 sierpnia 1875 władze pruskie w wyniku sekularyzacji wydały zarządzenie zmuszające braci konwentu św. Józefa do opuszczenia klasztoru.
27 kwietnia 1887 cesarz Wilhelm I zezwolił na powrót zakonników. 24 września 1887 zakonnicy powrócili do klasztoru. W 1891 w pobliżu klasztoru wybudowano Drogę Krzyżową w postaci dużych, murowanych kapliczek posadowionych na fundamentach. Po wizycie w klasztorze kardynała Georga Koppa w 1891 rozpoczęto prace związane z rozbudową istniejącego małego klasztoru na większy murowany. Budowę ukończono 2 sierpnia 1900. W tym okresie otoczono ogród klasztorny murem. Od 1903 w klasztorze franciszkanów w Prudniku znajdowała się redakcja polskojęzycznego miesięcznika „Posłaniec Świętego Franciszka”, wydawanego przez Andrzeja Bolczyka. W 1903 o. Benedykt Behr zbudował kopię groty Matki Bożej z Lourdes (Grotę Lurdzką) z tufu wulkanicznego. Skała potrzebna do budowy groty została sprowadzona z Nadrenii. Z pozostałych kamieni dokonano przebudowy 14 stacji Drogi Krzyżowej na wzór groty. Po podniesieniu rezydencji w Prudniku-Lesie do rangi konwentu, został wybrany gwardian, który 1 maja 1904 uroczyście poświęcił wybudowaną grotę. 2 października 1918 z inicjatywy Chryzogona Reischa powstał cmentarz klasztorny, a w 1921 o. Gorgoniusz dobudował w klasztorze drugie piętro. W 1924 zbudowano organistówkę.