W pełnym wymiarze czasowym wystąpił między innymi w finałowym spotkaniu z Urugwajem (2:0) na Estadio Azteca, dzięki któremu Meksykanie zagwarantowali sobie mistrzostwo globu.
W lutym 2013 Flores znalazł się w ogłoszonym przez trenera Sergio Almaguera składzie reprezentacji Meksyku U-20 na Mistrzostwa Ameryki Północnej U-20. Podczas tego turnieju, rozgrywanego w meksykańskim mieście Puebla, podobnie jak przed dwoma laty pełnił rolę podstawowego bocznego obrońcy swojej drużyny narodowej. Wystąpił wtedy we wszystkich pięciu meczach od pierwszej do ostatniej minuty, zdobywając gola w ćwierćfinałowej konfrontacji z Jamajką (4:0). Meksykanie triumfowali natomiast podczas tej imprezy, w finale pokonując po dogrywce USA (3:1), zaś on sam znalazł się w wybranej przez CONCACAF najlepszej jedenastce turnieju. Dwa miesiące później wraz z drużyną narodową wziął udział w prestiżowym towarzyskim Turnieju w Tulonie, rozgrywając trzy spotkania, lecz jego kadra zajęła na francuskich boiskach zaledwie szóstą lokatę.