Po wojnie domowej w Rosji pozostał w kraju. Pracował jako księgowy. W 1931 został po raz pierwszy aresztowany na podstawie anonimowego donosu, następnie był więziony od 1936 do 1940, po czym powrócił do pracy w dotychczasowym zawodzie, w Rostowie nad Donem. Po niemieckiej agresji na ZSRR został razem z rodziną wywieziony na roboty przymusowe, na których przebywał do końca wojny. Kolejne dwa lata Siergiej i Olga Putilinowie spędzili w obozie dla przesiedleńców w amerykańskiej strefie okupacyjnej, następnie osiedli w Heilbrunn, unikając repatriacji do ZSRR na podstawie fałszywych dokumentów wskazujących jako miejsce urodzenia Besarabię.
14 października 1948 Siergiej Putilin przyjął święcenia kapłańskie w jurysdykcji Zachodnioeuropejskiego Egzarchatu Rosyjskiego Kościoła Prawosławnego. Z jego ramienia służył w Stuttgatcie, Karlsruhe i Ludwigsburgu, w cerkwiach zorganizowanych przy obozach dla przesiedleńców. W 1949 otrzymał godność protojereja.