W 1856 Nowa Południowa Walia jako pierwsza kolonia australijska uzyskała autonomię, a wraz z nią w pełni wybieralną izbę niższą parlamentu – Zgromadzenie Ustawodawcze Nowej Południowej Walii. Donaldson znalazł się wśród posłów pierwszej kadencji. W Australii nie istniały wówczas zorganizowane partie polityczne, wszelkie frakcje parlamentarne miały charakter nieformalny, a układ sił ulegał częstym zmianom. Gubernator William Denison powierzył Donaldsonowi misję sformowania pierwszego rządu autonomicznego. W skład jego gabinetu weszli: Thomas Holt, William Manning, John Darvall oraz George Nichols. Dodatkowo ministrem bez teki był James Macarthur.
Gabinet Donaldsona przetrwał tylko dwa miesiące i dwadzieścia dni. Wynikało to głównie z ogromnej niestabilności i złożoności układu politycznego w kolonii, który utrudniał normalne rządzenie. Dodatkowo w czasie urzędowania Donaldsona zmarł jego ukochany brat James, co znacznie pogorszyło psychiczne samopoczucie premiera. 25 sierpnia 1856 gabinet przegrał w Zgromadzeniu głosowanie nad stosunkowo mało istotną kwestią z dziedziny sądownictwa, ale był to dla Donaldsona impuls, pod wpływem którego podał się do dymisji. Nowym premierem został Charles Cowper, zaś Donaldson zgodził się pozostać we władzach kolonii jako sekretarz skarbu.