Powierzchnia wysp jest płaska ze wzniesieniami nie przekraczającymi 3-5 m n.p.m. Najwyższym wzniesieniem jest sięgające 14 m n.p.m. Flag Hill na East Wallabi Island.
Klimat Przez większą część roku na wyspach wieją silne wiatry, przeważnie z południa. W okresie od grudnia do maja do wysp mogą zbliżać się cyklony – od 1915 roku cyklon przechodził w odległości ok. 400 km od North Island średnio co dwa i pół roku.
Na North Island znajduje się stacja meteorologiczna, która od 2000 roku zbiera dane odnośnie do temperatur i opadów. Na podstawie zebranych danych średni roczny opad to 272 mm, przy czym najsilniejsze opady mają miejsce w okresie od kwietnia do września. Latem temperatura waha się od 21 do 27 °C, a zimą utrzymuje w granicach 16–22 °C.
Flora i fauna Rafy koralowe Houtman Abrolhos to jedne z najdalej wysuniętych na południe tego typu formacji na Oceanie Indyjskim. Ich egzystencję umożliwia przechodzący tędy ciepły prąd morski Leeuwin, który utrzymuje średnią temperaturę wody morskiej w granicach 20–24 °C. Występująca tu morska flora i fauna obejmuje zarówno gatunki tropikalne, jak i te występujące w wodach o temperaturach umiarkowanych.