W rezultacie az-Za’im zdelegalizował Partię Ludową i nakazał uwięzić jej przywódcę, a następnie przenieść go do aresztu domowego. 14 sierpnia 1949 al-Kudsi odzyskał wolność po kolejnym przewrocie, który zorganizował zwolennik Haszymidów i Partii Ludowej Sami al-Hinnawi. Wojskowy ten przywrócił w Syrii rządy cywilne, a al-Kudsiego uczynił szefem tymczasowego komitetu rządzącego krajem. Al-Kudsi wszedł również do zgromadzenia opracowującego nową syryjską konstytucję. Partia Narodowa zbojkotowała wybory do tego ciała, co sprawiło, że większość mandatów i misja tworzenia rządu przypadła Partii Ludowej. W rządzie Haszima al-Atasiego al-Kudsi został ministrem spraw zagranicznych.
Pełniąc to stanowisko, al-Kudsi prowadził rozmowy z irackim regentem Abd al-Ilahem dotyczące projektu unii syryjsko-irackiej. W 1950 obaj wypracowali zasady przyszłego porozumienia, zakładającego utrzymanie odrębnych rządów każdego państwa i uzgadnianie najważniejszych decyzji dotyczących polityki, wojskowości, spraw społecznych, kultury i gospodarki. 1 stycznia 1951 al-Kudsi zaprezentował je na posiedzeniu Ligi Państw Arabskich, sugerując, by stały się podstawą utworzenia wspólnego państwa wszystkich Arabów.