Całkowicie zmienił kierunek syryjskiej polityki zagranicznej, w której w latach 1958–1961 dominował panarabizm, starając się zawrzeć trwały sojusz ze Stanami Zjednoczonymi i niechętnymi Abdel Naserowi rządami Arabii Saudyjskiej, Libanu i Jordanii. Wdrożył również program reprywatyzacji syryjskiej gospodarki i uzyskał dla kraju kredyty z Banku Światowego. Za jego rządów z armii syryjskiej usunięto oficerów sympatyzujących z naseryzmem oraz z socjalistyczną i panarabską partią Baas.
Niezadowoleni z rządowych ingerencji w armii i odsuwania wojskowych od współdecydowania o sprawach państwowych oficerowie, pod dowództwem Abd al-Karima an-Nahlawiego, w końcu marca 1962 przeprowadzili w Syrii kolejny pucz i aresztowali prezydenta. Już cztery dni później al-Kudsiego uwolniła lojalna frakcja wojskowych na czele z Abd al-Karimem Zahr ad-Dinem. Prezydent usiłował naprawić relacje z Naserem i z syryjskimi socjalistami, powołując rząd naserysty Baszira al-Azmy, który powrócił do wdrażania w kraju zarzuconej w 1961 reformy rolnej, jednak nie zdołał przekonać do siebie lewicy.