Buyoya przeprowadził również szeroko zakrojoną czystkę, w wyniku której członków klanu Bayanzi usunięto ze wszystkich ważniejszych stanowisk w rządzie i siłach zbrojnych.
Tymczasem Hutu – zarówno umiarkowani, jak i radykalni – korzystając z trwającej liberalizacji starali się badać granice tolerancji reżimu Buyoyi. Latem 1990 napięcie polityczne w Burundi znacząco wzrosło. Jego źródłem stała się zwłaszcza kwestia dostępu do ziemi uprawnej. Burundi będąc bowiem jednym z najgęściej zaludnionych państw Afryki (214 osób na km² według danych z 1995) posiadało jednocześnie jeden z najwyższych odsetków ludności utrzymujących się z pracy na roli. Chroniczny deficyt ziemi uprawnej znacząco podsycał antagonizmy etniczne, zwłaszcza gdy wziąć pod uwagę fakt, że w latach 1965–1987 znaczne areały gruntów rolnych należących do Hutu zostały zagarnięte przez wywodzących się z Tutsi członków elity władzy oraz ich klientów. Liberalizacja polityki reżimu zachęciła wielu Hutu do podjęcia starań o odzyskanie zagrabionej ziemi. Mnożyły się przy tym akty obywatelskiego nieposłuszeństwa, z których najbardziej znanym stała się tzw. sprawa RuvyiroEmile Ruvyiro był szefem rolniczej kooperatywy z regionu Imbo, walczącym o odzyskanie ziemi, którą w 1963 urzędnicy Tutsi zagrabili rolnikom Hutu.