W związku z restrukturyzacją polskich Sił Zbrojnych i zmniejszonym zapotrzebowaniem na absolwentów w mundurach, Wojskowa Akademia Techniczna rozpoczęła stopniową transformację w nowoczesny, wojskowo-cywilny uniwersytet techniczny. Spowodowało to również istotne zmiany w składzie studentów Wydziału. Od 1998 roku uruchomiono studia podyplomowe i kursy specjalistyczne dla osób cywilnych, głównie dla pracowników Telekomunikacji Polskiej. W 1999 roku rozpoczęto realizację studiów zaocznych, a w 2002 roku również studiów dziennych dla szerokiej rzeszy studentów cywilnych.
W związku z kolejnym etapem restrukturyzacji polskich Sił Zbrojnych oraz modernizacji szkolnictwa wojskowego z dniem 1 stycznia 2003 r. Wydział utracił charakter wojskowy i przyjął zasady funkcjonowania podobne do obowiązujących w wydziałach krajowych politechnik cywilnych. Dotychczasowi wojskowi nauczyciele akademiccy w większości przeszli do rezerwy i kontynuują pracę naukowo-dydaktyczną w jednostkach organizacyjnych Wydziału. W ten sposób Wydział zachował w całości swe bogate doświadczenie oraz bazę laboratoryjną i wyposażenie.