Po zakończeniu II wojny światowej powrócił do studiowania medycyny, kształcił się w Leuven, po powrocie do Polski w 1947 uzyskał dyplom na Wydziale Lekarskim Uniwersytetu Warszawskiego. W tym samym roku podjął pracę w Klinice Chirurgicznej Instytutu Gruźlicy kierowanej przez Leona Manteuffla-Szoege, pozostawał z nią związany do 1969, dochodząc do stanowiska kierownika oddziału. W międzyczasie przez kilka lat zatrudniony również w Oddziale Chirurgicznym Instytutu Onkologii pod kierunkiem Tadeusza Koszarowskiego. W czasie kilkuletniej służby wojskowej przez rok kierował oddziałem zabiegowym Sanatorium Wojskowego w Otwocku.
Wacław Sitkowski doktoryzował się w 1952 na Akademii Medycznej w Warszawie na podstawie pracy Leczenie operacyjne ślinianek. Habilitował się w 1964 w oparciu o rozprawę zatytułowaną Leczenie operacyjne zwężenia lewego ujścia tętniczego. Tytuł profesora nauk medycznych otrzymał w 1979.