Większość z nich stanowią nagrania papieskich przemówień i wizyt.
Są także taśmy VHS, CD lub płyty winylowe przekazywane Ojcu Świętemu, które zawierają zapis dedykowanych Mu koncertów, przedstawień teatralnych, wystaw, muzycznych dzieł.
Fonoteka przechowuje również złote płyty zarówno nagrań papieskich, jak i artystów, którzy podarowali je papieżowi.
Ośrodek digitalizuje zbiory audiowizualne.
Ważniejsze projekty naukowe Dotychczas Ośrodek jest wydawcą lub współwydawcą ponad 150 pozycji książkowych, w tym tak cennych dla polskiej nauki prac jak „Jan Paweł II. Bibliografia polska” (ostatni tom wydany w 2014).
Kolejnym ważnym dziełem fundacyjnym jest Bullarium Poloniae (tomy III–VII), zbiór średniowiecznych bulli papieskich. W latach 1982–2002 wydawano pismo „Kronika Rzymska”.
Zgodnie z obecnym programem naukowym i wydawniczym realizowanym w Ośrodku przez ks. dr Andrzeja Dobrzyńskiego, sukcesywnie opracowywane są i publikowane teksty źródłowe oraz studia związane zarówno z okresem krakowskim abpa Karola Wojtyły, jak i pontyfikatem Jana Pawła II.
Dyrektorzy placówki ks. Michał Jagosz (1981–1999) ks. Jan Główczyk (2000–2010) ks. Andrzej Dobrzyński (2010–2025) ks.