W 1064 roku Ani zostało zdobyte i splądrowane przez Turków Seldżuckich, a jeden ze zwycięskich wojowników wspiął się na dach katedry i strącił duży krzyż, wieńczący stożkowy dach jej kopuły. Katedra została następnie przekształcona w meczet i przemianowana na Fethiye Camisi (Meczet Zwycięstwa). W 1124 roku katedra powróciła do chrześcijan, a według zachowanej inskrypcji na początku XIII wieku dokonano jej renowacji. W 1319 roku w wyniku trzęsienia ziemi została uszkodzona jej kopuła i od tamtego czasu budowla pozostaje nieużytkowana. W 1832 roku w wyniku kolejnego trzęsienia ziemi zawaliły się pozostałości podtrzymującego kopułę bębna, natomiast katastrofalne w skutkach trzęsienie ziemi z 1988 roku spowodowało uszkodzenia obu narożników zachodnich. Po 1998 roku częściowo runął dach świątyni, a w latach 2000−2001, w wyniku eksplozji dokonywanych w pobliskich kamieniołomach, nastąpiły dalsze zniszczenia, w tym uszkodzenie fasady zachodniej i ryzyko jej runięcia.