Pewnego dnia, staje się przypadkowym świadkiem prześladowań mieszkańców „Strefy 11” i ratuje tajemniczą, zielonowłosą kobietę. Kiedy zostaje oskarżony o współpracę z terrorystami, uratowana kobieta – C.C. zawiera z nim umowę i obdarza go mocą – Geass, która pozwala Lelouchowi kontrolować innych. Od tej pory Lelouch przybiera drugą tożsamość – Zero i wraz z Kallen Kōzuki i Ōgim Kaname staje na czele ruchu oporu, który przybiera nazwę Zakon Czarnych Rycerzy. Jedyną osobą, która zna prawdziwą tożsamość Zero jest C.C., jednak w wyniku jednej z nieudanych operacji wojskowych w Naricie, jego twarz poznaje także Shirley – koleżanka Leloucha ze szkoły, którym jest zauroczona.
Po kilku walkach przeciwko Imperium, Zakon zyskuje silnego sprzymierzeńca – Front Wyzwolenia Japonii, pod dowództwem znanego stratega, generała Kyōshirō Tōdō. Krótko po operacji na wyspie Shikine-jima, Euphemia (która poznała tożsamość Zero), ustala Specjalną Strefę Administracyjną Japonii na wzgórzu Fudżi, aby ukrócić starcia pomiędzy Imperium a niepodległościowcami. Podczas rozmowy z Euphemią, Lelouch traci kontrolę nad swoim Geassem i nieświadomie wydaje siostrze rozkaz zabicia Japończyków. Euphemia usłuchała rozkazu, natomiast Lelouch, by zapobiec dalszej masakrze, zabija siostrę.