W 1936 roku pomnik wraz z terenami zielonymi na placu został usunięty przez władze nazistowskie. Plac pokryto wtedy wielkopowierzchniowymi, kwadratowymi płytami. Takie działanie, poza Gendarmenmarkt zrealizowane również na berlińskich placach Lustgarten i miało na celu zapewnienie terenów do urządzania uroczystości propagandowychEva-Maria Kaufmann Von der Wanderschaft der Denkmäler in Berlin. In: Der Bär von Berlin: Jahrbuch des Vereins für die Geschichte Berlins, 56. Folge 2007. Verein für die Geschichte Berlins e. V. Berlin, 2007, S. 35..
Plac został mocno zniszczony podczas II wojny światowej. W 1946 roku na zrujnowanym po wojnie placu wystąpił Chór Aleksandrowa. W 1950 roku, z okazji obchodów 250. rocznicy istnienia Berlińsko-Brandenburskiej Akademii Nauk przemianowano go na Platz der Akademie (pol. „Plac Akademii”). W tym samym roku w położonej przy ulicy Markgrafenstraße 38 dawnej siedzibie (budynek z 1901 roku, zaprojektowany przez Paula Kieschkego) ulokowana została założona w 1946 roku . W 1976 roku berliński magistrat zlecił przebudowę placu na intelektualno-kulturalne centrumAdalbert Behr, Alfred Hoffmann: Das Schauspielhaus in Berlin. VEB Verlag für Bauwesen. Berlin, 1984. Seite 131.. W 1991 roku placowi przywrócono nazwę Gendarmenmarkt.