Morales nie poszła za tą radą; pozostała w armii do końca wojny w roku 1883. Tacy jak Mackenna mieli rację mówiąc, że jako kobieta wiele ryzykowała: kilka chilijskich markietanek wpadło w czasie wojny w ręce Peruwiańczyków i zostały przez nich zabitych.
Śmierć i upamiętnienie Po zakończeniu wojny Morales wróciła do rodzinnego Santiago. O jej wyczynach w czasie wojny mało kto wiedział, ale żołnierze pamiętali ją dobrze. Gdy pojawiła się na Plaza Yungay podczas uroczystości odsłonięcia pomnika chilijskiego roto (dosł. złamany, określenie zwykłego Chilijczyka) została powitana entuzjastycznie. Zmarła w zapomnieniu na wspólnej sali szpitala w Santiago 25 sierpnia 1890 roku, w wieku zaledwie 25 lat. Za życia nie doczekała się uznania.
25 sierpnia 1930 roku, czterdzieści lat po jej śmierci, płk Enrique Phillips zamieścił artykuł w dzienniku El Mercurio, w którym pisał o niej takː: „W tych sławnych czasach wiele było chilijskich Judyt, ale żadna nie dorównywała Irene Morales, wzorowi doskonałości chilijskich kobiet”. Pisało o niej wielu poetów, np. Rómulo Larrañaga. Na jej cześć jedna z ulic w Santiago została nazwana jej imieniem. W niespokojnych latach siedemdziesiątych XX wieku była jednym z symboli przypisywanych sobie przez organizacje kobiece, zarówno prawicowe, jak i lewicowe.