Definicja filogenetyczna Do krokodyli – oprócz współcześnie żyjących przedstawicieli tego rzędu – tradycyjnie zaliczano wszystkich wymarłych przedstawicieli kladu Crocodylomorpha oprócz tych z grupy Sphenosuchia, być może parafiletycznej. Część autorów zaliczała do krokodyli także SphenosuchiaRomer, Alfred Sherwood (1966) Vertebrate paleontology 3rd ed. University of Chicago Press, Chicago. 468 s.. Tak szeroko rozumiane krokodyle pojawiły się na Ziemi około 220 mln lat temu, w okresie triasu.
W latach 80. XX wieku, wraz z rozwojem klasyfikacji opartej na zasadach kladystyki, zaczęto postulować, by do rzędu Crocodilia zaliczać tylko współcześnie żyjące krokodyle i wszystkich innych potomków ich ostatniego wspólnego przodka; większy klad obejmujący tak rozumiane krokodyle i wszystkie inne krokodylomorfy (oprócz Sphenosuchia) miał nosić nazwę Crocodyliformes. W późniejszych publikacjach zaproponowano kilka definicji filogenetycznych tak rozumianych krokodyli;