Oczyszczono przedpole, wycinając gaje oliwne wokół miasta i burząc zabudowania w promieniu 1200 metrów od murów, których skruszone fragmenty naprawiano, wykuwając przy tym dodatkowe strzelnice. Zamek Aljafería wzbogacono dodatkowymi szańcami. Przy bramie Sancho fortyfikacje wzmocniono nadrzecznym bastionem. Po zachodniej stronie przed murami miasta usypano solidny wał obejmujący z natury obronne klasztory augustianów i trynitarzy. na szczycie wału znajdowały się baterie artylerii, a przed nim głęboki na 14 m rów.
Podobnie uczyniono w San Lazaro sypiąc wały i kopiąc fosy, podobnie ufortyfikowano dwa klasztory na północnym brzegu Ebro. Kluczową pozycję na Monte Terrero obwałowano, kanał Imperial Aragon posłużył za fosę. Przy budowie i naprawianiu umocnień pracowało 60 000 ochotników. W samym mieście wykuwano strzelnice i wewnętrzne przejścia w murach domów zamieniając całe ich bloki w oddzielne fortece, dodatkowo zabezpieczone barykadami. Kościoły i klasztory stanowiły dodatkowe umocnione punkty oporu.Garnizon był również silniejszy niż podczas pierwszego oblężenia. Palafox zwerbował 14 000 nowych rekrutów, których zasiliło 17 000 żołnierzy spod Tudeli. Tak więc na początku oblężenia Saragossy broniło 31 000 piechoty, 1600 kawalerii, 1000 milicji i około 10 000 różnorodnie uzbrojonych cywilów.