W 1549 monaster został zniszczony przez najazd tatarski. Ponownej fundacji dokonał w drugiej połowie XVI wieku Aleksander Wańko Łahodowski (herbu KorczakAdam Boniecki: Herbarz polski: wiadomości historyczno-genealogiczne o rodach szlacheckich. Cz. 1. T. 15. Warszawa : Warszawskie Towarzystwo Akcyjne S. Orgelbranda S[yn]ów), 1912, s. 163.). Odnowienie zabudowy monsteru według legendy przypisuje się cudowi i objawieniu maryjnemu, których miał doświadczyć ten szlachcic ruski podczas polowania w Uniowe.
Od 1596 klasztor był ośrodkiem dyzunickim w województwie ruskim. Działała tutaj drukarnia. W XVI i XVII wieku kilkakrotnie mnisi uniowscy odpierali zbrojne ataki ze strony lokalnej szlachty starającej się podporządkować sobie monaster, ale również prawosławnych biskupów lwowsko-halickich, z którymi byli w sporach majątkowych i administracyjnych.
W 1700 wspólnota mnichów uniowskich przyjęła unię brzeską. W latach 1700–1790 był to klasztor bazyliański. Po kasacie z rozkazu władz austriackich budynki zostały przekazane na potrzeby diecezji lwowskiej Ukraińskiego Kościoła Greckokatolickiego. W XIX i na początku XX wieku mieściła się tutaj letnia rezydencja arcybiskupów lwowskich obrządku bizantyjsko-ukraińskiego.