W momencie wybuchu II wojny światowej służył jako kapelan 58 Pułku Piechoty. Brał udział w obronie Warszawy jako kapelan szpitala maltańskiego. Następnie w pierwszym okresie okupacji niemieckiej był więźniem warszawskiego Pawiaka. Po zwolnieniu z więzienia brał udział w organizacji struktur Organizacji Orła Białego. Ponownie aresztowany, był więziony w Wiedniu oraz w KL Mauthausen-Gusen. Zwolniony staraniem rodziny podjął pracę duszpasterską w parafii św. Mikołaja w Bielsku, a następnie rektora w kościele w Dziedzicach, a od 1942 do zakończenia wojny w Bystrej Krakowskiej. Jednocześnie był kapelanem oddziałów leśnych AK. Współpracował z oddziałem kpt. Henryka Flamego ps. „Bartek”.
Ks. Rudolf Marszałek został aresztowany w grudniu 1946 roku przez funkcjonariuszy UB, a następnie po rocznym śledztwie i osadzeniu w Areszcie Śledczym Warszawa-Mokotów – skazany na śmierć i stracony 10 marca 1948 roku. Ciało ks. Rudolfa Marszałka prawdopodobnie pochowano na terenie warszawskiej Dolinki Służewieckiejks. Rudolf Marszałek.
Upamiętnienie W 2013 roku w Bystrej odbyły się uroczyste obchody 65-rocznicy śmierci ks. Rudolfa Marszałka połączone z wystawą fotografii w auli przy kościele Najdroższej Krwi Pana Jezusa Chrystusa oraz odsłonięciem tablicy pamiątkowej poświęconej ks. Rudolfowi Marszałkowi.