W 1913 w Monasterze Nowodziewiczym w Petersburgu Zofia złożyła wieczyste śluby mnisze (małej schimy), zachowując dotychczasowe imię. Natychmiast po tym wydarzeniu została podniesiona do godności ihumeni i wyjechała do Kijowa. Po rewolucji październikowej. Ihumenia podziemnego monasteru W 1919, dwa lata po rewolucji październikowej, władze radzieckie znacjonalizowały mienie monasteru. Mniszki żyły we wspólnocie jeszcze przez cztery lata, rejestrując ją jako spółdzielnię pracy. W 1923 monaster przeszedł pod kontrolę duchownych Żywej Cerkwi, którzy zmusili ihumenię Zofię do rezygnacji z funkcji. Mniszka wyjechała razem z ok. 20 siostrami do Irpienia, gdzie utworzyła tajną wspólnotę mniszą - jej członkinie mieszkały w prywatnych domach, jedynie nocą spotykały się na nabożeństwach. Już w roku następnym Zofia została aresztowana i spędziła sześć tygodni w więzieniu. Po zwolnieniu wznowiła dotychczasową działalność i stała na czele podziemnej wspólnoty przez kolejne cztery lata. Odrzuciła deklarację zastępcy locum tenens Patriarchatu Moskiewskiego metropolity Sergiusza, wzywającą prawosławnych do lojalności wobec władz radzieckich. Popierała ruch josifian, razem ze swoją wspólnotą przystąpiła do Cerkwi katakumbowej.