Podczas II wojny światowej szkoły czeskie zostały zamknięte, a więc zatrudnił się w praskim obserwatorium astronomicznym, a następnie w Państwowym Zakładzie Geofizycznym. W 1940 opracował Wstęp do nauki o mapach, którego skład zecerski tuż przed wydrukowaniem został rozrzucony przez Niemców. W 1943 rozszerzył to dzieło i wydał pod tytułem Rozdziały z nauki o mapach, jako publikację nie przeznaczoną do sprzedaży. Po wojnie stało się ono podstawą do opracowania podręczników kartografii dla wyższych uczelni w Czechosłowacji. Podczas wojny opracował także Atlas Kieszonkowy wydany w 1945, a potem także w 1947 i 1948. Tłumaczono go na język angielski (1947) i polski (1950 i 1951).
Po wojnie powrócił na Wydział Przyrodniczy praskiego Uniwersytetu i przejął Państwowe Archiwum Map, które znacząco poszerzył. Od 1952 zbiór ten stał się pracownią naukową Czechosłowackiej Akademii Nauk, prowadzoną przez Kuchařa do 1974.
W latach 1946–1960 redagował Kartografický přehled (Przegląd kartograficzny), którego był założycielem. Było to jedno z pierwszych na świecie pism stricte kartograficznych. Wystąpił z inicjatywą wydania drugiego czechosłowackiego narodowego atlasu, który wyszedł w 1966 (od 1962 stał na czele jego rady redakcyjnej).