John By wylądował w porcie Quebec 30 maja 1826 r. Latem tego samego roku przemierzył łodzią całą dwustukilometrową trasę planowanego kanału, korygując pewne jego odcinki oraz czyniąc szkice do szczegółowego projektu tej wielkiej budowli hydrotechnicznej, która bez większych zmian funkcjonuje do dziś dnia. Przekonał też swoich przełożonych do znacznego powiększenia pierwotnie założonych wymiarów śluz, dzięki czemu kanał mógł w niedalekiej przyszłości przyjmować również wchodzące w użycie większe statki z napędem parowym.
Kanał został ukończony w ciągu sześciu lat (w 1832 r.) i okrzyknięty triumfem ówczesnej inżynierii. Pierwotny koszt jego budowy, szacowany na 169 tys. funtów, zamknął się ostatecznie w kwocie nieco ponad 800 tys. funtów. Prawdopodobnie w wyniku wewnętrznych rozgrywek między dowództwem armii a Skarbem Państwa, John By został w niejasny sposób oskarżony o nadużycia finansowe przy budowie. Chociaż w 1832 r. powrócił do Anglii, nie został nigdy oficjalnie wezwany do stawienia się przed komisją Skarbu Państwa celem złożenia wyjaśnień i oczyszczenia się z zarzutów. Pomimo iż prywatnie wiele prominentnych osób wspierało Johna By’a, jednak nigdy nie otrzymał on oficjalnej pochwały za stworzenie tak doniosłego dzieła.