Rodzina królewska też stopniowo popadała w coraz większe długi, czego ujawnienie spotkało się z dezaprobatą nawet głównych partii. Choć większość ludności portugalskiej stanowili katolicy, a oficjalnym patronem kraju był św. Jakub, specyficzne dla tego kraju były mocne wpływy środowisk antykościelnych i masońskich, zaś z zaszłości historycznych wynikał prawny zakaz działalności zgromadzeń zakonnych. Tymczasem od hucznych obchodów siedemsetnej rocznicy urodzin św. Antoniego, patrona Lizbony, zaczęło się ożywienie działalności instytucji kościelnych, pojawiły się też nowe. W 1901 roku pozwolono na swobodny rozwój zakonów katolickich, co zbiegło się też z powołaniem Partii Nacjonalistycznej, ostentacyjne odwołującej się do zasad katolicyzmu. Powszechnie upatrywano w tym efekt spisku, na czele którego miała stać królowa Maria Amelia. thumb|João Franco Powołany w 1906 roku na stanowisko premiera João Franco starał się działać możliwie jak najskuteczniej, nie licząc się z opinią publiczną. Wprowadził cenzurę prasy, uwięził swych adwersarzy politycznych i zawiesił zajęcia na rozpolitykowanym Uniwersytecie w Coimbrze. Choć te zapędy dyktatorskie były jego własną inicjatywą, odium musiało spaść na monarchię. Młody król Manuel II objął tron nieprzygotowany, albowiem jego ojciec i starszy brat zginęli w zamachu.