Po kilku latach razem z drużyną Avengers bierze udział w ataku na bazę Hydry, gdzie prowadzone są eksperymenty na ludziach oraz z technologią Chitauri. Stark pod wpływem Scarlet Witch widzi śmierć pozostałych członków drużyny. Razem z Bannerem próbuje stworzyć Ultrona, projekt, który ma zastąpić Avengers. Jednak ten wymyka się spod kontroli i występuje przeciwko ludzkości. Podczas wyprawy do Afryki, walczy z Hulkiem, który jest pod wpływem Scarlet Witch przy pomocy specjalnie stworzonej zbroi, „Hulkbuster”. Wraz z resztą drużyny ukrywa się na farmie Bartona. Po wykradzeniu nowego ciała Ultrona, wgrywa w niego J.A.R.V.I.S.-a i tworzy Visiona. Razem z Avengersami, pokonuje Ultrona i decyduje się wycofać z działalności superbohatera.
W wyniku nacisków ONZ staje po stronie rejestracji superbohaterów. Okazuje się również, że rozstał się z Potts. Po jego stronie stają T’Challa, Romanow, Vision i Rhodes. Stark rekrutuje do swojej drużyny również nastolatka Petera Parkera, którego został mentorem i stworzył dla niego nowy kombinezon. Kiedy dowiaduje się, że to nie Barnes dokonał zamachu na siedzibę ONZ wyrusza za nim i za Rogersem na Syberię, gdzie dowiaduje się od Helmuta Zemo, że to Barnes zamordował jego rodziców w 1991 roku.