Trybunał inkwizycji w Capodistrii – sąd inkwizycyjny, mający swą siedzibę w Capodistrii (obecnie Koper w Słowenii) na terenie ówczesnej Republiki Weneckiej. Istniał od połowy XVI wieku do roku 1806. Był kierowany przez franciszkanów konwentualnych i należał do struktur inkwizycji rzymskiej.
Historia Półwysep Istrii od końca XIII wieku objęty był jurysdykcją franciszkańskich inkwizytorów mianowanych przez władze slawońsko-dalmackiej prowincji zakonnej. Dalmaccy prowincjałowie, na podstawie przywilejów papieskich z lat 1291, 1298 i 1330, mianowali inkwizytorów aż po wiek XVI. Prowincja slawońsko-dalmacka rozciągała się od Istrii na północy do Macedonii na południu i od wybrzeża dalmackiego na zachodzie po Bośnię na wschodziepor. .
W latach 40. XVI wieku biskupem Capodistrii był Pier Paolo Vergerio, którego Rzym podejrzewał o sprzyjanie ideom reformacji. Utworzona przez papieża Pawła III w latach 1541–1542 Kongregacja Rzymskiej i Powszechnej Inkwizycji (Święte Oficjum) wszczęła dochodzenie w sprawie jego poglądów, jednak w niewielkim zakresie skorzystała z pomocy inkwizytorów Dalmacji i Istrii, z których zresztą niektórzy (Gian Pietro Celso, Valengo Tisano) wkrótce także znaleźli się w kręgu podejrzeń. W grudniu 1548 Kongregacja mianowała teatyna Annibale Grisonio swoim komisarzem w diecezji Capodistria.