„Przestępczość” Żydów w okupowanej Warszawie, 1939–1942, Stowarzyszenie Centrum Badań nad Zagładą Żydów, Warszawa 2010, 211 ss. (współautor: Barbara Engelking) . Judenjagd. Polowanie na Żydów, 1942-1945. Studium dziejów pewnego powiatu, Stowarzyszenie Centrum Badań nad Zagładą Żydów, Warszawa 2011, 282 ss. . Autor przedstawił po raz pierwszy hipotezę, że w czasie okupacji Polacy przyczynili się pośrednio lub bezpośrednio do śmierci co najmniej 200 tys. Żydów, którzy po rozpoczęciu Zagłady ukrywali się poza gettami. Ten element zwrócił uwagę mediów. Do zawartych w książce hipotez odnosili się badacze m.in.: Bogdan Musiał w sposób krytyczny oraz Jan Tomasz Gross w sposób afirmatywny. Zarys krajobrazu. Wieś polska wobec Zagłady, 1942-1945, Warszawa, 2011, 532 ss. (współautor: Barbara Engelking) . Hunt for the Jews: Betrayal and Murder in German-Occupied Poland, Indiana University Press, 2013, 312 pp., . Aaron Elster, Ocalony z Zagłady. Wspomnienia chłopca z Sokołowa Podlaskiego, Stowarzyszenie Centrum Badań nad Zagładą Żydów, Warszawa 2014, 139 ss. (współredaktor nauk.: Barbara Engelking) . Klucze i kasa. O mieniu żydowskim w Polsce pod okupacją niemiecką i we wczesnych latach powojennych 1939–1950, Stowarzyszenie Centrum Badań nad Zagładą Żydów, Warszawa 2014, 629 ss. (red. nauk.