Okres 1574–1806 W czerwcu 1574 Kongregacja Rzymskiej i Powszechnej Inkwizycji skasowała trybunał w Portogruaro i podporządkowała diecezję Concordii inkwizytorom z Udine. Pierwszym inkwizytorem obu diecezji został dotychczasowy inkwizytor Akwilei Giulio Colomberti. W 1576 zmarł Giacomo Maracco, co jednocześnie oznaczało kres szczególnej pozycji wikariusza patriarchalnego w trybunale inkwizycyjnym. Począwszy od 1578 aż do lat 90. XVI wieku kolejni papieże wydali szereg rozporządzeń nadających inkwizytorom Udine prawa do dochodów z rozmaitych beneficjów, co zapewniło im niezależność finansową. Na przełomie XVI i XVII wieku, za urzędowania inkwizytora Girolamo Asteo (1598–1608) obszar podległy trybunałowi z Udine został podzielony na wikariaty i wikariaty rejonowe.
Działalność trybunału inkwizycji z Udine jest dość dobrze znana, z uwagi na to, że jego archiwum zachowało się do czasów współczesnych. W XVI wieku inkwizytorzy zajmowali się głównie zwalczaniem sympatyków reformacji, jednak już pod koniec tego stulecia ich zainteresowanie zwróciło się w kierunku pilnowania ortodoksji zwykłych ludzi. Istotny odsetek spraw pod koniec XVI i w XVII wieku stanowiły postępowania dotyczące magii oraz kultów ludowych, zwłaszcza ruchu benandanti, którzy uważali się za „dobrych czarowników”, zwalczających złą magię.