Historia Wieś Kalunja została zidentyfikowana z kananejskim miastem MosaZobacz: Księga Jozuego 18,26: „I Misfe, i Kafara, i Mosa”. Tłumaczenie według Biblii gdańskiej.. W 71 roku cesarz Wespazjan osiedlił w osadzie 800 rzymskich żołnierzy, zmieniając jej nazwę na Colonia Amosa lub Colonia Emaus. W okresie panowania Bizancjum nazwa ewoluowała na Koloneia, a w czasach krzyżowców na Qalonie lub Kalunja. Arabski historyk Mujir al-Din wymienia wieś w 1192 roku, informując, że była ona położona w pobliżu Jerozolimy. Tureckie sprawozdania podatkowe z 1596 roku wymieniają Kalunja jako małą wieś, której mieszkańcy płacili podatki z upraw pszenicy, jęczmienia i oliwek, oraz hodowli kóz i pszczół. Pod koniec XIX wieku była opisywana jako niewielkiej wielkości wieś, położona na zboczu wzgórza nad drogą prowadzącą do Jerozolimy. Podróżnicy informowali, że znajdował się w niej „nowoczesny” zajazd. Mieszkańcy hodowali drzewa pomarańczowe i cytrusy, które rosły w całej dolinie. W wyniku I wojny światowej, w 1918 roku cała Palestyna przeszła pod panowanie Brytyjczyków, którzy utworzyli Mandat Palestyny. W okresie panowania Brytyjczyków Kalunja była małą wsią.