Został ponownie zatrudniony w Katedrze Histologii Prawidłowej i Embriologii Wydziału Lekarskiego Uniwersytetu Poznańskiego (1945–1948 – adiunkt, od 1949 – docent). Habilitację otrzymał 22 czerwca 1948 roku na podstawie pracy nt. O czynności wydzielniczej komórek zrębowych nabłonka zmysłowego błony węchowej płazów, gadów, ptaków i ssaków). Równocześnie pracował w Przychodni Chorób Skórnych i Wenerycznych Wojewódzkiego Szpitala UB (1945–1949) oraz prowadził prywatną praktykę lekarską (1945–1948).
Praca zawodowa w Szczecinie thumb|240px|Gmach Pomorskiej Akademii Medycznej W roku 1949 Jan Słotwiński objął stanowisko profesora Pomorskiej Akademii Medycznej w Szczecinie i kierownika Katedry Histologii i Embriologii. W PAM był również: 1956–1958 – prodziekanem Wydziału Lekarskiego 1950–1968 – członkiem senatu. Poza uczelnią pracował w: 1950–1975 – Ośrodku Średnich Szkół Medycznych (później – Szkoła Laborantów Medycznych) jako wykładowca histologii i technik histologicznych 1951–1962 – Spółdzielni Lekarzy Specjalistów (Przychodnia Chorób Skórnych i Wenerycznych). Należał do komitetów redakcyjnych czasopism Folia Morphologica i Bulletin de l'Association des anatomistes. Od roku 1974 zajmował w PAM ½ etatu, jako profesor emerytowany.