W 1950 wystąpiła z publiczną krytyką działalności naukowej Władysława Konopczyńskiego, oskarżając go o podejście badawcze do historii niezgodne z linią materializmu historycznego. Historycy związani z MZH przejęli w owym okresie kontrolę nad redakcjami „Kwartalnika Historycznego” i „Przeglądu Historycznego”; Bobińska przez krótki czas w 1950 należała do redakcji tego drugiego pisma. W lutym 1950 została wybrana przewodniczącą MZH.
Jej mąż Władysław Wolski był Ministrem Administracji Publicznej w rządzie Józefa Cyrankiewicza. Jego działalność i powiązania z radzieckimi służbami bezpieczeństwa spowodowały w 1950 usunięcie ze stanowisk państwowych i partyjnych za intrygi przeciwko kierownictwu PZPR. Został on wysłany do Krakowa w maju 1950 na stanowisko dyrektora biblioteki wojewódzkiej, Bobińska zaś przeprowadziła się wraz z nimTadeusz Rutkowski, Nauki historyczne w Polsce 1944–1970. Zagadnienia polityczne i organizacyjne, Wydawnictwa Uniwersytetu Warszawskiego, Warszawa 2007, s. 167, .. Od 1950 r. była kierownikiem Katedry Historii Polski Nowożytnej i Najnowszej UJ, kierowanej do 1948 przez Konopczyńskiego. Współorganizowała i uczestniczyła w Kongresie Nauki Polskiej w 1951 oraz tzw. Konferencji Otwockiej (1951/52), na której skrytykowano niezgodność z wykładnią marksizmu prac historycznych Kieniewicza i Wereszyckiego.