Rozwój klasztoru przerwany został w 988 roku, gdy zaraza spustoszyła okolicę, zabijając także zdecydowaną większość mnichów (60 spośród 72). Wybory nowego opata po tym wydarzeniu doprowadziły do rozłamu zakonników na dwie frakcje, z których jedna zyskała poparcie biskupa Spiry, a druga – hrabiego Calw. Zbrojna interwencja tego ostatniego doprowadziła do splądrowania klasztoru, zniszczenia jego biblioteki i rozproszenia mnichów. Klasztor pozostawał opuszczony przez ponad pół wieku, stopniowo popadając w ruinę.
Drugi klasztor thumb|Dawny korpus nawowy kościoła św. Aureliusza (po lewej) oraz muzeum klasztorne (po prawej) W 1049 roku odnowienia klasztoru zażądał papież Leon IX, który był spokrewniony z hrabiami Calw. W 1059 roku hrabia Eberhard II podjął odbudowę. W 1065 roku przybyli tu pierwsi mnisi z Einsiedeln, a w 1071 poświęcono odnowiony kościół św. Aureliusza. Nadano mu wówczas charakter trójnawowej bazyliki z dwuwieżową fasadą, transeptem i chórem schodkowym.