Najpóźniej pod koniec XIV wieku Pawia stała się jednym z ośrodków dużego okręgu inkwizytorskiego, obejmującego diecezje Pawii, Piacenzy i Cremony. W 1387 w Pawii odnotowana jest obecność dominikanina Oberto da Frascarolo, jako wikariusza inkwizytora Piacenzy Giovanniego da Clusiano. Paolo Folperti, inkwizytor w latach 1455–1474, był odpowiedzialny za jedne z pierwszych większych polowań na czarownice we Włoszech. Jego następca, Giovanni Domenico da Cremona, kontynuował jego działania w tym zakresie.
W 1502 okręg Pawii, Cremony i Piacenzy został ponownie podzielony i od tej pory funkcjonował stały trybunał z siedzibą w Pawii. Gioacchino Beccaria, inkwizytor Pawii od 1509, był przez krótki czas jednocześnie także inkwizytorem Mediolanu i przewodniczył wielu procesom o czary.
W 1530 decyzją kapituły generalnej zakonu dominikanów sprawowanie urzędu inkwizycji w Pawii przeszło w ręce obserwanckiej prowincji Obojga Lombardii (dotychczas było w rękach konwentualnej prowincji św. Piotra Męczennika). Dwanaście lat później, w związku z rozszerzaniem się idei reformacji, papież Paweł III utworzył Kongregację Rzymskiej i Powszechnej Inkwizycji, jako centralny organ kierujący działalnością inkwizycyjną we Włoszech.