Pedro Sánchez odmówił rezygnacji, co doprowadziło do dalszego sporu wewnątrz partii pomiędzy grupą skupioną wokół sekretarza generalnego a opozycjonistami z prezydent Andaluzji Susaną Díaz na czele. 1 października 2016 ustąpił ze stanowiska, gdy przegrał w komitecie federalnym głosowanie nad swoją propozycją zwołania partyjnego kongresu. 29 października 2016 złożył również mandat poselski, odmawiając wstrzymania się w głosowaniu nad powołaniem Mariano Rajoya na premiera i nie chcąc naruszać partyjnej dyscypliny.
W maju 2017 wystartował w partyjnych prawyborach, które wygrał, powracając tym samym na stanowisko sekretarza generalnego PSOE.
Premier Hiszpanii W maju 2018 zapadł wyrok w sprawie caso Gürtel, w wyniku tego postępowania skazano za przestępstwa korupcyjne blisko 30 polityków i przedsiębiorców związanych z Partią Ludową. Socjaliści złożyli wówczas wniosek o konstruktywne wotum nieufności, proponując na premiera swojego lidera. Wniosek ten poparła koalicja ugrupowań lewicowych, komunistycznych i ekologicznych skupionych wokół partii Podemos, a także baskijscy i katalońscy nacjonaliści.