Kiedy Misa zostaje aresztowana jako podejrzana o bycie drugim Kirą, a podejrzenia wobec Lighta nasilają się, chłopak dobrowolnie daje się uwięzić, a następnie zrzeka się praw do swojego Notatnika i traci wszelkie wspomnienia z nim związane. Wobec takiego obrotu zdarzeń, grupa śledcza odkrywa, że trzecim Kirą jest członek korporacji Yotsuba i dzięki pomysłowi Yagamiego udaje się im ustalić, że jest nim Kyōsuke Higuchi. Kiedy udaje się go złapać, jego Notes Śmierci ponownie znajduje się w rękach Lighta, który odzyskuje wszystkie wspomnienia, tak jak zaplanował. Wkrótce potem, knuje intrygę, dzięki której zmusza shinigami Rem do zabicia L oraz Watariego, poprzez wpisanie ich imion do Notesu Śmierci.
Pięć lat po śmierci detektywa, Light wstępuje do policji i oficjalnie przejmuje przywództwo w grupie dochodzeniowo-śledczej ws. Kiry (jako następca L). Wkrótce potem kontaktuje się z nim tajemniczy Near, twierdząc, że wie o śmierci L i deklarując pomoc w odkryciu tożsamości Kiry. Jednocześnie siostra Yagamiego, Sayu zostaje porwana przez Mello. Będąc zmuszony do oddania Notesu Śmierci, Light rozważa zabicie swojej siostry, ostatecznie rezygnując z tego pomysłu. Następnie ponownie zrzeka się praw do posiadania Notesu, zachowując jednak drugi z nich, aby nie stracić wspomnień.