XX wieku wspólnie z przewodniczącym parlamentu Alim Akbarem Haszemim Rafsandżanim brał udział w tajnych negocjacjach amerykańsko-irańskich, podczas których Amerykanie zgodzili się nielegalnie sprzedać Iranowi broń w zamian za pomoc w uwolnieniu amerykańskich zakładników wziętych przez Hezbollah w Bejrucie. Pieniądze uzyskane z transakcji Amerykanie przeznaczyli na wspieranie nikaraguańskiej partyzantki Contras zwalczającej rząd sandinistów (afera Iran-Contras)T. Coville, Najnowsza historia Iranu. Republika islamska, Wydawnictwo Akademickie Dialog, Warszawa 2009, s.107..
Po rozpadzie Związku Radzieckiego starał się przywrócić Iranowi dawną pozycję mocarstwa regionalnego, stać się rozjemcą w potencjalnych konfliktach między nowo powstałymi państwami, prowadzić politykę poszanowania granic i regionalnej współpracy. Iran przyczynił się w tym czasie do ożywienia działalności Organizacji Współpracy Gospodarczej, łączącej azjatyckie muzułmańskie państwa niearabskie. W polityce wobec krajów powstałych po rozpadzie ZSRR w okresie sprawowania obowiązków ministra spraw zagranicznych przez Welajatiego nie kierowano się względami religijnymi, lecz pragmatycznymi. Iran utrzymywał dobre relacje z chrześcijańską Armenią przeciwko szyickiemu Azerbejdżanowi, wobec faktu, że kraj ten zbliżył się do Stanów Zjednoczonych i Turcji.