Koncepcja ta ma swoich przeciwników. Zwracają oni uwagę na trudności w pozyskaniu takiej zgody. W wielu przypadkach po prostu nie istnieje żadne przedstawicielstwo danej grupy, które miałoby zostać poproszone o udzielenie zgody. Co więcej, podnosi się również pewne trudności teoretyczne związane z rozszerzaniem koncepcji przypisywanej pojedynczym osobom autonomii na grupy osób. Kolejny argument zwraca uwagę na to, że ludzie mają prawo uczestniczyć w badaniach naukowych, nawet jeśli należą do zamkniętych grup społecznych czy też religijnych. Jednostka może sama wyrazić zgodę na poddanie się takim badaniom i nie musi pytać o zgodę żadnych przedstawicieli grup, do których należy. Z drugiej strony zawsze ma ona również prawo odmówić poddania się takim badaniom. Zgoda wyrażona przez darzonego przez nią szacunkiem przedstawiciela jej grupy czy też przez jej przywódcę religijnego mogłaby mieć charakter przymusu.
Wobec powyższych argumentów przeciwnicy zgody wspólnotowej pozostają przy indywidualnej zgodzie osób biorących udział w badaniu.