Czaszka Czaszka gryzoni opisywana jest jako niska, wydłużona, spłaszczona z góry, o niewielkiej puszce mózgowej, w przeciwieństwie do okazałej jamy nosowej.
Oczodół gryzoni jest otwarty. Występuje duża, szczególnie u form zamieszkujących pustynie, puszka bębenkowa.
Kość nosowa jest wydłużona. Nozdrza przednie kierują się do przodu bądź do dołu.
Przez kość szczękową przebiega duży kanał podoczodołowy. Może w nim znajdować się fragment żwacza.
Kość zębowa prawa i lewa, dobrze rozwinięte, nie zrastają się w jedną kość, łączy je więzadło, co zwiększa elastyczność żuchwy, zdolnej do ruchów w kierunku przednio-tylnym oraz na boki. Występuje wyrostek kątowy, którego budowa stanowi podstawę podziału gryzoni na 2 grupy, zaproponowane przez Tulberga i odgrywające w przeszłości znaczenie w systematyce gryzoni: Gryzonie sciurognatyczne mają wyrostek kątowy leżący w przedłużeniu brzegu dolnego kości zębowej. Może on wystawać do wewnątrz. Gryzonie hystrikognatyczne mają wyrostek położony bardziej na zewnątrz.
Szwy czaszkowe istnieją w rozwoju długo.
Uzębienie thumb|Typowe dla gryzonia uzębienie. Przednią powierzchnię siekaczy pokrywa twarde szkliwo, tylną natomiast zębina.