W 1937 po upływie 15 lat obowiązywania konwencji górnośląskiej (genewskiej) władze polskie mogły dokonać zmian w statusie prawnym związków religijnych. Sejm Śląski uchwalił w tym roku ustawę o tymczasowej organizacji Ewangelickiego Kościoła Unijnego na Polskim Górnym ŚląskuDziennik Ustaw Śląskich z 17 lipca 1937 rok 16 nr 14.. Stała się ona instrumentem zmian kadrowych w Kościele, w tym pozbawienia stanowisk duchownych uznawanych za proniemieckich. Wojewoda śląski Michał Grażyński usunął w 1937 ze stanowiska prezydenta Kościoła ks. Hermana Vossa i urząd ten powierzył adwokatowi Władysławowi Michejdzie. Rozpoczęło się też obsadzanie stanowisk pastorskich duchownymi pochodzącymi z Kościoła Ewangelicko-Augsburskiego, których część działała z nadania władz oświatowych jako nauczyciele religii na terenie województwa śląskiego. W tym trybie działalność w Kościele rozpoczęli m.in. księża Ryszard Danielczyk, Robert Fiszkal i Jerzy Kahané.
Po rozpoczęciu okupacji hitlerowskiej Kościół na powrót został wcielony do Kościoła unijnego w Niemczech. Jego parafie po zakończeniu wojny stały się częścią Kościoła Ewangelicko-Augsburskiego w Polsce.