W styczniu 1566 nowym papieżem został dotychczasowy wielki inkwizytor Michele Ghislieri, jako Pius V (1566–1572). Na jego pontyfikat przypada apogeum prześladowań sympatyków reformacji we Włoszech. Kongregacja Świętego Oficjum skutecznie wymuszała od władz lokalnych przekazywanie w jej ręce liderów grup dysydenckich, np. w 1566 książę Toskanii Cosimo I Medici zgodził się na ekstradycję do Rzymu Pietro Carnesecchiego, jednego z czołowych zwolenników doktryny Juana Valdesa. Został on stracony w Rzymie 1 października 1567. Ogółem za Piusa V w Rzymie odbyło się ponad trzydzieści egzekucji z wyroku Inkwizycji Rzymskiej, przy czym, wzorem inkwizycji hiszpańskiej, odbywały się one publicznie, po okazałych ceremoniach pokutnych zwanych auto-da-féDel Col, s. 425–428, 433; Pastor, vol. XVII, s. 292–312; zob. też Black, s. 123–130..